پژوهشکده ها به عنوان نهادهای تخصصی و پیشرو، با تمرکز بر حوزه های علمی راهبردی، بستری برای انجام پژوهش های بنیادی، کاربردی و توسعه ای فراهم می کنند و نقش بی بدیلی در تبدیل ایده های نوآورانه به فناوری و ثروت ایفا می نمایند. از جمله وظایف اصلی پژوهشکده ها تولید علم و دانش بنیادی، پژوهش های کاربردی و حل مسائل جامعه، تربیت نیروی انسانی متخصص و پژوهش محور، توسعه همکاری های علمی برون دانشگاهی می باشد. موسسه آموزش عالی آل طه با داشتن 10 پژوهشکده فعال در حوزه های مختلف در این مسیر گامی موثر برداشته است.